针对商标侵权被罚款后工厂的反诉,首先要明确应对策略。根据《中华人民共和国商标法》的相关规定,可以通过协商、起诉或投诉来处理侵权纠纷。协商不成时,可以向法院起诉或向工商部门投诉,以制止侵权行为,并防止损失进一步扩大。